Hàng thiên niên kỷ Hồ Malawi (hay Nyasa) đã cung cấp nguồn thực phẩm chính cho cư dân trên các bờ hồ vì hồ có rất nhiều cá chẳng hạn như chambo, gồm bất kỳ một trong bốn loài của các chi họ Cá hoàng đế "Nyasalapia", và kampango, một loại cá da trơn lớn (Bagrus meridionalis). Một số cá được đánh bắt và xuất khẩu từ Malawi, nhưng tổng đàn cá hoang của hồ ngày càng bị đe dọa bởi đánh bắt quá mức và việc ô nhiễm nước.

Loài chó lớn Lycaon pictus được cho rằng đã tuyệt chủng ở Malawi, tuy nhiên nghiên cứu gần đây ở Vườn quốc gia Kasungu gần biên giới phía tây của Malawi đã tìm thấy một đàn 17 con. Nhà nghiên cứu Duncan Yearly đã bắt đầu một dự án được gọi là Bảo tồn động vật ăn thịt ở Malawi và đang cố gắng để nâng cao nhận thức và tìm kinh phí để tiếp tục bảo vệ các loài động vật có vú có nguy cơ tuyệt chủng ở Malawi này. Người ta tin rằng những con chó này theo mùa di chuyển qua biên giới từ Malawi vào Zambia để săn ở Nam thung lũng Luangwa nhưng dường như chúng rất thành công ở Malawi với bầy đàn gồm bảy con trưởng thành và 10 con nhỏ.[15] Các động vật hoang dã khác tìm thấy bên trong và chung quanh hồ Malawi gồm cá sấu, hà mã, khỉ, và một quần thể đại bàng bắt cá chúng ăn hết nhiều cá trong hồ.

Cá hoàng đế

Hồ Malawi nổi tiếng là nơi nhiều loài cá hoàng đế. Hàng trăm loài đặc hữu được tìm thấy trong hồ, nhiều loài trong số đó đã được các chủ nuôi cá trong bể kính ưa thích do màu sắc rực rỡ của chúng. Tái tạo một sinh cảnh hồ Malawi[16] để nuôi các cá hoàng đế trong bể kính là việc làm trong lúc rảnh rỗi được nhiều người yêu thích. Các cá hoàng đế của hồ này được chia cách không chặt chẽ thành 2 nhóm căn bản: nhóm haplochromines và tilapiines. Trong nhóm đầu tiên, Haplochrominae, có 2 phân nhóm. Phân nhóm đầu gồm những cá hoàng đế sống ngoài khơi và trong cát mà những con trống phô ra màu sắc rực rỡ còn những con cái khoe màu sắc bạc đôi khi có các sọc đen không bình thường hoặc các dấu khác. Phân nhóm thứ hai được dân địa phương gọi cách bình dân là mbuna, nghĩa là những "con sống ở đá". Phân nhóm Mbuna có khuynh hướng trở nên nhỏ hơn, và thường cả cá đực và cá cái đều có màu sắc rực rỡ, những con đực có nhiều đốm vàng hình trứng ở vây hậu môn của chúng. Tất cả nhóm haplochromines ở hồ Malawi đều là mouthbrooders (cá ấp trứng ở trong miệng).

Phân nhóm thứ hai, tilapiines, chỉ gồm các loài Tilapia rendalli, thêm vào 4 loài chambo (Nyasalapia) ấp trứng trong miệng.

Ốc

Hồ này cũng có quần thể ốc, một số loài có mang bệnh sán màng (bilharzia). Một cuộc khảo sát ở Monkey Bay vào năm 1964, tìm thấy hai loài đặc hữu của ốc của chi "Bulinus" trong hồ, cùng chi "B.globosus" và "B. forskalli" trong các đầm phá (lagoon) cách biệt với hồ. Các loài chót được biết đến là sinh vật chủ trung gian của bệnh sán màng, và ấu trùng của ký sinh trùng được phát hiện trong nước hồ có chứa chúng, nhưng trong các thí nghiệm C. Wright của Viện bảo tàng lịch sử tự nhiên Anh đã không thể truyền nhiễm hai loài đặc hữu của hồ với các ký sinh trùng. Các công nhân tại hiện trường, những người đã làm nhiều giờ trên và trong hồ, cũng không tìm thấy B. globosus hoặc B. forskalli ở trong hồ.[17]

Một số loài cá trong hồ chuyên săn bắt ốc, và các ốc trong hồ cũng tỏ ra biết thay đổi tập tính để tự bảo vệ. Sinh vật chủ trung gian B. globosus của bệnh sán màng, bò trên lá của các cây sống dưới nước và như vậy chúng dễ bị cá ăn. Trong đầu thập niên 1960, các cá ăn ốc vẫn còn dồi dào, và bệnh sán màng không phải là một vấn đề khó khăn cho những người tắm trong hồ, nhưng họ có thể nhiễm chúng nếu họ lội trong các dòng suối, ao, hay đầm lầy gần hồ. Các ấu trùng gây nhiễm khuẩn có thể đã được đưa vào hồ trong mùa nước lũ, mặc dù chúng sống sót chỉ trong vài ngày. Gần đây hơn đã có các báo cáo về bệnh này bị nhiễm ở trong hồ. Sự gia tăng rõ ràng nguy cơ có thể do việc đánh bắt nhiều cá trên các bãi bờ hồ trong vòng 40 năm qua và do việc suy giảm các quần thể cá ăn ốc.[18]

Ngoài các sinh vật chủ trung gian tiềm tàng của bệnh sán màng, một số loài ốc khác và nghêu là đặc hữu của hồ. Những chiếc vỏ rỗng của ốc "Lanistes" lớn được sử dụng như là nơi trú ẩn để ấp của cá mbuna chẳng hạn như như "Pseudotropheus livingstonei",trong khi cá da trơn nhỏ, phát triển ít hơn 30 mm chiều dài, sử dụng các vỏ rỗng nhỏ hơn làm nơi ấp.[18]